Sedlecká katedrála sloužila jako konventní sídlo nejstaršího cisterciáckého opatství v Čechách založeného v roce 1142. Díky ekonomické prosperitě kláštera tohoto řádu, který profitoval z dolování stříbra na svých pozemcích, byla mezi lety 1290–1320 zbudována stavba, jež spolu se sedleckou kostnicí tvoří ucelený komplex nejstarší části Kutné Hory. Architektonická inspirace byla načerpána za hranicemi – byly zkombinovány prvky severofrancouzské gotické katedrální architektury s prvky německými, čímž bylo docíleno zvýraznění výšky a zároveň subtilnosti stavby. Původní půdorys kopíroval tvar latinského kříže, ale tato podoba chrámu se nedochovala, jelikož byl v roce 1421 vypleněn a vypálen husitskými vojsky.
K obnově chrámu došlo až na přelomu 17. a 18. století. Jeho rekonstrukce se nejdříve ujal architekt Pavel Ignác Bayer, jemuž je přičítána koncepce pětilodního uspořádání. Po něm převzal architektonické žezlo proslulý Jan Blažej Santini-Aichel, známý svým specifickým stylem zvaným barokní gotika. I zde své jedinečné ideje realizoval, například v podobě řešení hlavního průčelí a úpravy chrámového vnitřku s klenbou v hlavní lodi. V roce 1784 byl však sedlecký klášter na příkaz císaře Josefa II. zrušen, jeho majetek byl vydražen, z chrámu se stalo skladiště mouky a v budovách kláštera byla zřízena tabáková továrna. Katedrála byla k církevnímu užívání navrácena až v roce 1806.
Zajímavost
Nyní katedrálu spravuje Římskokatolická farnost Kutná Hora – Sedlec a její zdi střeží jeden z nejvzácnějších církevních klenotů střední Evropy – originál sedlecké monstrance (ozdobná prosklená schránka náležející k svatým předmětům), který je považován za nejstarší dochovanou gotickou monstranci na světě.